Les estuaires sont des écosystèmes complexes reliant les environnements fluviaux et marins, où les microorganismes jouent un rôle clé dans le maintien des fonctions écosystémiques. Dans cet article, nous avons étudié, sur une période d’un an, la dynamique des communautés bactériennes et eucaryotes dans l’estuaire de Seine (Normandie, France), dans 8 sites, à deux profondeurs, avec un suivi mensuel. À ce jour, la taxonomie de la diversité microbienne présente dans cet estuaire anthropisé reste méconnue, et les facteurs influençant la structure des communautés microbiennes ne sont pas encore identifiés.
L’analyse par métabarcodage de 147 échantillons a révélé une forte diversité bactérienne et eucaryote, dominée respectivement par les Proteobacteria, Bacteroidota, Actinobacteriota et les Bacillariophyta, Spirotrichea, Dinophyceae. Tout au long de l’estuaire, nous n’avons détecté des variations significatives dans la composition des communautés bactériennes et eucaryotes que pour trois mois et deux mois sur douze, respectivement. Cependant, un effet saisonnier marqué a été observé sur la diversité des deux communautés microbiennes, influencé par des variables physico-chimiques fluctuantes tout au long de l’année (température, irradiance, débit fluvial). Les interactions biotiques se sont également avérées être des facteurs déterminants de la diversité alpha et bêta. Au cours de l’année, nous avons identifié un microbiote de base diversifié et abondant, composé de 74 OTUs bactériens et 41 OTUs eucaryotes. Ces espèces régionalement abondantes incluent des généralistes de l’habitat englobant des hétérotrophes, phototrophes et consommateurs. Cependant, une grande partie de ces OTUs de base reste mal assignée sur le plan taxonomique et fonctionnel.
Cette étude moléculaire représente une étape clé dans la compréhension de la dynamique des estuaires macrotidaux et de l’écosystème de la Seine, en identifiant des marqueurs potentiels des fonctions écosystémiques. Elle met également en évidence l’importance des saisons et des associations biotiques comme principaux facteurs de structuration du microbiote de l’estuaire de la Seine, ainsi que la présence d’un microbiote de base persistant tout au long de l’année.
